Программирование контроллера движения — это процесс предоставления контроллеру инструкций для выполнения некоторой задачи движения. Задача может быть такой же простой, как управление одноосным приводом для перемещения на короткое расстояние и обратно. Или это может быть управление и координация движения сложной, взаимосвязанной многоосевой системы перемещения, например, на сборочной линии или в каком-либо производственном процессе. В любом случае для выполнения некоторого действия контроллеру необходим набор инструкций.

Производители контроллеров движения предоставляют пользователям некоторый способ программирования своих устройств. Обычно это принимает форму некоторого типа графического пользовательского интерфейса (GUI), иногда интегрированного с другим программным обеспечением автоматизации. Интерфейс позволяет пользователям писать и редактировать управляющие программы, а также отслеживать ход выполнения операции. Варианты программирования включают визуальные методы, такие как метод перетаскивания из меню опций или написание программ на Visual Basic, C, C++ или других языках.

Графический интерфейс может быть таким же простым, как несколько кнопок на контроллере или более стандартная базовая клавиатура. Для чрезвычайно простых и незамысловатых приложений некоторые контроллеры позволяют программировать прямо на самом контроллере с помощью кнопок или интерактивного сенсорного экрана. Автономные или монтируемые в стойку контроллеры движения часто имеют ввод с клавиатуры, где пользователи могут программировать контроллер таким образом. Другой распространенный метод — с помощью компьютера и клавиатуры.

У многих компаний есть motion API (интерфейс прикладного программирования), который позволяет дизайнерам программировать контроллеры. Они также могут содержать примеры программ вместе с библиотеками функций и другими инструментами для диагностики и настройки.

Управление движением на основе ПЛК также стало более распространенным. Здесь программирование осуществляется с помощью отраслевых стандартов, таких как IEC 61131 (PLCopen), который использует преимущества существующих методов программирования, с которыми уже знакомы многие инженеры, таких как лестничные логические схемы и диаграммы функциональных блоков.